インフルエンザワクチンの接種後の副作用は
1：局所の発赤、腫脹、疼痛は、接種を受けられた方の10～20％に起こります。通常は2～3日で消失します。
2：発熱、頭痛、悪寒、倦怠感などの全身性の反応は、接種を受けられた方の5～10％にみられます。
3：稀に蕁麻疹がみられることもありますが、2～3日で消失します。

そのほかのインフルエンザワクチン副作用　
重症な健康被害として、ギラン・バレー症候群があげられますが、発症率は1/10万です。健康被害の原因としてその予防接種を否定できない場合には、医薬品副作用被害救済・研究振興調査機構法による被害救済の対象となります。平成19年度の報告では、ワクチンの推定出荷本数、約2,257万本に対して、ワクチンとの因果関係が不明なものを含めて、製造販売業者等からインフルエンザワクチン接種によるものとして、薬事法第77条の4の2第1項に基づき報告された副作用は190件でした。このうち4名の方が死亡していますが、いずれもワクチン接種との因果関係は評価できないとされています。